Hlavním důvodem pro stavbu železnice z Lince do Českých Budějovic byla přeprava soli z Rakouska do Čech, a také přeprava dřeva.
Sůl se od nepaměti dopravovala po řekách v Rakousku do Lince, kde se překládala na koňské potahy, aby ji převezly přes Šumavu do Českých Budějovic k Vltavě, kde se opět překládala na lodě. Myšlenka zefektivnit dopravu stavbou průplavu mezi Dunajem a Vltavou vznikla již ve středověku. Vybudovat průplav chtěl prý již Karel IV. a stejný nápad měli později Rožmberkové, Albrecht z Valdštejna i Marie Terezie.
Plány na prokopání Šumavy zůstaly léta jen na papíře, až koncem 18. století je realizovali Schwarzenberkové. Kanál měřil 44 kilometrů a jeho šíře byla kolem 4 metrů. Bylo však možno po něm plavit pouze dřevo.
Nová doba si ale žádala efektivnější dopravu pomocí lodí, jak tomu bylo v té době v Anglii. Proto roku 1807 vznikla Hydrotechnická společnost, která měla pod vedením Františka Josefa Gerstnera posoudit možnost vybudování nového kanálu. Průplav by musel mít kvůli velkému převýšení až 240 zdymadel, a proto přišel Gerstner s jiným řešením, kterým se inspiroval v Anglii. Předložil návrh na vybudování koněspřežné železnice. V té době byly již v Anglii železnice běžnou záležitostí, ale na evropském kontinentě byl tento projekt první.
Návrh nevzbudil důvěru a upadl na nějaký čas v zapomenutí. Od Gerstnerova návrhu koněspřežné dráhy do jeho zprovoznění uplynulo čtvrt století. Až roku 1820 byl Gesrtnerův syn, František Antonín Gerstner, tehdy profesor vídeňské polytechniky, pověřen, aby se projektem znovu zabýval. Po návratu ze studijní cesty po Anglii mu císař udělil privilegium ke stavbě a provozu dráhy a v létě roku 1825 byla stavba zahájena.
Stavba dráhy byla pro své stavitele velkou školou a během jejího budování bylo nutno v plánech udělat mnoho změn. Týkalo se to například způsobu výstavby náspů, hloubky odvodňovacích příkopů nebo sklonu svahů v zářezech. Velkorysý způsob budování náspů vedl k obrovskému překročení rozpočtu a skončil Gerstnerovým odchodem ze stavby roku 1828. Tehdy byl již český úsek trati hotov.
Stavbu rakouského úseku převzal Matyáš Schönerer. Ten s využitím nabytých zkušeností trasoval dráhu tak, aby náklady na její dobudování byly co nejnižší. A tak na rozdíl od Gerstnerova přímého trasování měl Schönererův úsek ostré oblouky a prudká stoupání, kde se musely vlaky rozpojovat, poněvadž koně nebyli schopni naložené vozy do stoupání vytáhnout.
Slavnostní zahájení osobní i nákladní přepravy se konalo 1. srpna 1832, František Josef Gerstner se tedy zprovoznění svého nejslavnějšího projektu nedožil.
Na trati bylo několik přepřahacích stanic. Osobní vlaky vyjížděly jednou denně v 5 hodin ráno z obou koncových stanic. Křižovaly se v poledne ve vrcholové stanici v Kerschbaumu, kde byla hodinová přestávka na oběd v první nádražní restauraci v Evropě. Vlaky urazily celou trať za 14 hodin.
Trať koněspřežky měřila 128 kilometrů a bylo na ní 214 dřevěných a kamenných mostů. Parní provoz byl na trati zaveden 1. září 1872. Zatímco Gerstnerův úsek byl prakticky rovnou převzat pro parní provoz, jižní úsek, který stavěl Schönerer, musel být celý přestavěn.
V roce 1970 byly zbytky koněspřežné železnice prohlášeny národní kulturní památkou. Nejzachovalejší připomínkou tehdejší koňky je kamenný čtyři metry široký obloukový most v Holkově.
